Ngày đầu thành lập (1998-2000) Tạp chí đặt trụ sở tại Công ty Môi trường đô thị Hà Nội, số 18 Cao Bá Quát, quận Ba Đình do nhà báo Nguyễn Quang Hoà làm Tổng biên tập. Giai đoạn 2000 - 2002, nhà báo Yến Tuyết làm Tổng biên tập. Từ năm 2002 do TS.Luật sư Đồng Xuân Thụ phụ trách, rồi sau đó được bổ nhiệm làm Tổng biên tập Tạp chí cho đến nay. Hiện nay, trụ sở của Tạp chí được đặt tại Tầng 17, Khu văn phòng Toà nhà C1 Thành Công, Quận Ba Đình, Thành phố Hà Nội.
Đại hội Chi bộ Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam, nhiệm kỳ 2022-2025
Tạp chí hiện có Chi bộ Đảng, Công đoàn và Đoàn thanh niên. Chi bộ Đảng Tạp chí trực thuộc Đảng uỷ Khối Doanh nghiệp quận Ba Đình với 38 đảng viên; Công đoàn trực thuộc Liên đoàn Lao động quận Ba Đình; Đoàn Thanh niên trực thuộc Đoàn TNCS HCM quận Ba Đình.
Bộ máy lãnh đạo Tạp chí gồm 1 Tổng biên tập, 3 Phó Tổng biên tập, 1 Chủ tịch Hội đồng cố vấn. Tạp chí có 6 Ban chuyên môn, bao gồm: Ban điện tử; Ban Biên tập, Ban Chuyên đề, Ban Pháp luật - Bạn đọc, Ban Kinh tế môi trường; Ban Media.
Hiện nay, Tạp chí đã thành lập 5 Văn phòng Đại diện: Khu vực miền Nam đặt tại Thành phố Hồ Chí Minh, thành lập năm 2013. Và đến năm 2018, thành lập Văn phòng đại diện khu vực miền Trung đặt tại Đà Nẵng; Khu vực Bắc Trung Bộ đặt tại tỉnh Nghệ An; Khu vực Tây Nguyên đặt tại tỉnh Gia Lai; Khu vực Tây Bắc đặt tại Vĩnh Phúc. Ngoài ra, còn có 6 phóng viên thường trú tại: Hải Phòng; Hải Dương; Hưng Yên; Bắc Giang; Quảng Ngãi; Đắk Lắk. Đây là những cánh tay nối dài, hỗ trợ đắc lực cho hoạt động của Tạp chí, giúp đưa đến những thông tin nhanh, chính xác từ các địa phương tới bạn đọc trên cả nước.
Cán bộ nhân viên của Tạp chí là 70 người. Trong đó, 40 người hoạt động ở tòa soạn chính ở Hà Nội, 30 người hoạt động ở 5 Văn phòng đại diện và thường trú.
Hàng năm, Tạp chí tổ chức nhiều hoạt động khảo sát thực tế, phát hiện, thông tin kịp thời các vấn đề xã hội đang quan tâm và biểu dương các điển hình tiên tiến trong lĩnh vực môi trường; đô thị và khu công nghiệp;... cung cấp thông tin và phối hợp các hoạt động tuyên truyền với các cơ quan thông tin đại chúng trong lĩnh vực quản lý nhà nước về môi trường, đô thị và khu công nghiệp.
Tạp chí thường xuyên tổ chức tập huấn, bồi dưỡng kiến thức và áp dụng các biện pháp tuyên truyền về môi trường cho cán bộ, phóng viên. Tổ chức các hoạt động hợp tác, vận động tài trợ tự nguyện từ các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước nhằm phát triển Tạp chí theo đúng tôn chỉ mục đích.
Trong nhiều năm qua, Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam đã tổ chức các chương trình, tọa đàm, hội thảo khoa học công nghệ ngành môi trường. Đặc biệt, từ giai đoạn 2017 đến nay, Tạp chí đã và đang bước sang giai đoạn bùng nổ với nhiều chương trình, sự kiện quy mô toàn quốc như: Chương trình trao giải Cây chổi vàng, Cuộc thi vẽ tranh Thiếu nhi Vì môi trường tương lai, Giải bóng đá Môi trường đô thị toàn quốc, Cuộc thi quốc gia Hoa hậu môi trường, Cuộc thi viết "Nói không với rác thải nhựa"... và nhiều sự kiện khác có ý nghĩa nhân văn sâu sắc, đang tác động tích cực đến từng đơn vị và các cá nhân người lao động, góp phần nâng tầm, khẳng định vai trò, vị trí của Tạp chí Môi trường và Đô thị Việt Nam trong ngành môi trường, hệ thống báo chí Cách mạng và trong lòng bạn đọc.
