Theo đó, định hướng phân vùng chức năng của nguồn nước gồm chuyển từ phương thức đáp ứng nhu cầu sang chủ động quản lý nhu cầu, phân bổ dựa trên khả năng của nguồn nước; Ưu tiên phân vùng chức năng nguồn nước hiện đang được sử dụng cho các mục đích chính bao gồm cấp nước sinh hoạt, tưới, công nghiệp, du lịch, dịch vụ, bảo vệ môi trường và duy trì ranh mặn vào mùa khô/kiệt; Nguồn nước dưới đất được sử dụng cho các mục đích cấp nước cho sinh hoạt, sản xuất công nghiệp, nông nghiệp phù hợp với khả năng của nguồn nước; hạn chế khai thác sử dụng nguồn nước dưới đất tại các khu vực bị sụt lún đất; Chức năng từng nguồn nước sông, đoạn sông, kênh, rạch, tầng chứa nước được xác định trong quy hoạch tổng hợp lưu vực sông Cửu Long, quy hoạch tỉnh.

Đối với định hướng ưu tiên phân bổ trong trường hợp bình thường nhằm bảo đảm thực hiện đúng chức năng đã xác định của các đoạn sông, nguồn nước của hệ thống sông Cửu Long. Ưu tiên cấp nước cho sinh hoạt, an sinh xã hội, các ngành sản xuất. Cơ bản giải quyết được tình trạng mâu thuẫn trong khai thác, sử dụng nước giữa các đối tượng sử dụng nước chính trên lưu vực sông Cửu Long. Chủ động về nguồn nước hiện có cho các mục đích sử dụng nước, có xét đến tác động của biến đổi khí hậu, nước biển dâng và việc khai thác, sử dụng nước ở thượng nguồn. Quản lý hệ thống thủy lợi tưới tiêu một cách hợp lý, tránh gây ô nhiễm, tù đọng làm suy giảm chất lượng nước mặt.

Đồng thời, định hướng ưu tiên phân bổ trong trường hợp hạn hán, thiếu nước giúp phân bổ nguồn nước đáp ứng 100% nhu cầu sử dụng nước cho mục đích sinh hoạt. Bảo đảm thứ tự ưu tiên cấp nước cho sinh hoạt, an sinh xã hội, các ngành sản xuất có hiệu quả kinh tế - xã hội cao. Phân bổ theo nhu cầu tối thiểu của từng đối tượng sử dụng nước. Đề xuất phương án cắt giảm nhu cầu sử dụng nước của từng đối tượng sử dụng nước theo tỷ lệ phù hợp, bảo đảm thứ tự ưu tiên. Thực hiện việc điều hòa phân phối nước bảo đảm an ninh về nước cho các vùng/lưu vực sông đặc biệt khan hiếm nước. Thúc đẩy hợp tác, chia sẻ thông tin, dữ liệu nguồn nước Mê Công. Triển khai xây dựng mạng lưới các điểm nguồn nước ngọt dự trữ chiến lược trên toàn vùng; tăng cường khả năng trữ lũ, giữ nước ngọt với quy mô phù hợp tại các địa phương trong vùng.

Theo Quy hoạch, định hướng nguồn nước dự phòng để cấp nước sinh hoạt, lượng nước dự phòng được cấp cho mục đích sinh hoạt trong trường hợp có sự cố ô nhiễm nguồn nước hoặc hạn hán thiếu nước trong khoảng thời gian xác định (tối đa 90 ngày). Nước dưới đất là nguồn nước dự phòng chủ yếu. Trữ nước trong mùa Lũ trên ô đồng ở vùng Tứ giác Long Xuyên và Đồng Tháp Mười, các vườn quốc gia, tận dụng diện tích rừng ngập nước làm nơi trữ nước. Xây dựng các hồ trữ nước quy mô phù hợp; trữ nước trên hệ thống kênh rạch, nhánh sông lớn, ao hồ nhỏ đi kèm với các giải pháp vận hành đóng mở các công trình điều tiết nước phù hợp; trữ nước mưa phục vụ sinh hoạt, trữ nước ở các bể ngầm. Tăng cường các biện pháp bổ sung nhân tạo nước dưới đất, lập các nguồn nước dự phòng và quản lý việc sử dụng.

Định hướng hệ thống quan trắc giám sát tài nguyên nước và khai thác, sử dụng nước để nâng cấp và hoàn thiện mạng lưới quan trắc tài nguyên nước đồng bộ, tiên tiến, hiện đại và toàn diện, đảm bảo việc kết nối và chia sẻ thông tin liên tục, thống nhất từ trung ương đến địa phương. Đầu tư xây dựng hệ thống giám sát tài nguyên nước và khai thác, sử dụng nước tập trung, hiệu quả, phù hợp với điều kiện kinh tế - xã hội trong từng giai đoạn. Đào tạo, nâng cao chất lượng nguồn nhân lực đảm bảo công tác quản lý và vận hành hệ thống.

Định hướng công trình điều tiết, khai thác, sử dụng, phát triển tài nguyên nước gồm: Thí điểm công trình điều tiết dòng chảy ở một số khu vực thường xuyên bị thiếu nước, khan hiếm nước về mùa khô; Xác định các vùng có khả năng trữ nước lũ ở các vùng ngập lũ Đồng Tháp Mười và Tứ giác Long Xuyên, vùng có khả năng trữ nước mưa ở các vùng ven biển và bán đảo Cà Mau; Xây dựng các hồ chứa nước và nghiên cứu các biện pháp công trình trữ nước trong sông, kênh, rạch.

Cùng với đó, định hướng bảo vệ tài nguyên nước, phục hồi nguồn nước bị ô nhiễm hoặc bị suy thoái, cạn kiệt. Việc khai thác, sử dụng phải gắn với bảo vệ tài nguyên nước, bảo vệ chức năng nguồn nước, nguồn sinh thủy, sự lưu thông dòng chảy, các hồ, ao có chức năng điều hòa, có giá trị đa dạng sinh học. Kiểm soát được tình trạng ô nhiễm các nguồn nước đang bị ô nhiễm nghiêm trọng ở các khu dân cư, khu đô thị lớn, khu, cụm công nghiệp, khu kinh tế đạt mức độ cho phép. Kiểm soát vận hành các hệ thống công trình thủy lợi ven biển để đảm bảo lưu thông của nước, tránh tù đọng gây ô nhiễm. Phân loại nguồn nước, công bố danh mục các nguồn nước bị ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt nghiêm trọng và danh mục các cơ sở khai thác, sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước gây ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt nghiêm trọng nguồn nước. Cải tạo, phục hồi các nguồn nước bị ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt nghiêm trọng, ưu tiên đối với các khu vực trọng điểm phát triển kinh tế - xã hội; ngăn ngừa, xử lý nghiêm các trường hợp gây ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt tài nguyên nước. Thực hiện đồng bộ đề án bảo vệ nước dưới đất ở các đô thị, nông thôn.

Định hướng phòng, chống, khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra nhằm tăng cường quản lý các hoạt động khai thác cát, sỏi và khoáng sản khác, hoạt động giao thông thủy trên sông; các hoạt động ven sông như xây dựng khu đô thị, khu dân cư, các hoạt động sản xuất khác có tác động đến gia tăng sạt lở lòng, bờ bãi sông. Kiểm soát chặt chẽ việc khai thác nước dưới đất cho tưới, nuôi trồng thủy sản, đặc biệt là khu vực ven biển các tỉnh Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau. Thực hiện khoanh định vùng hạn chế khai thác nước dưới đất để bảo đảm không bị suy thoái, cạn kiệt nguồn nước, phòng, chống sụt, lún đất do khai thác nước dưới đất. Cải tạo các trục thoát lũ ra biển Tây và từ Đồng Tháp Mười ra hướng sông Tiền, sông Vàm Cỏ. Tính toán, cập nhập kịch bản biến đổi khí hậu, đánh giá tác động thượng nguồn đến hạn hán, sạt lở bờ sông, sụt, lún đất, xâm nhập mặn ở đồng bằng sông Cửu Long. Xây dựng các bản đồ phân bố nước ngọt của các tầng chứa nước, các cụm công trình tạo nguồn có đủ trữ lượng, chất lượng để khai thác lâu dài; các bản đồ nguy cơ tác hại do nước gây ra nhằm xác lập cơ chế phối hợp liên ngành, liên vùng, liên quốc gia trong việc phòng, chống, khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra.