Với kinh nghiệm nhiều năm nghiên cứu về tình trạng ô nhiễm ở các dòng sông nhất là sông Tô Lịch, sau khi nêu thực trạng của sông Tô Lịch, GS.TS Trần Đức Hạ, Viện trưởng Viện Nghiên cứu Cấp thoát nước và Môi trường đã đưa ra những kiến nghị, giải pháp cụ thể để cải tạo, khôi phục dòng sông Tô Lịch: Cần phải rà soát và điều chỉnh quy hoạch 725, trong đó có việc đưa một phần nước thải lưu vực S3 về nhà máy xử lý nước thải Hồ Tây và đưa nội dung thu gom, xử lý nước thải phân tán bảo đảm quy chuẩn môi trường trước khi xả vào sông; thực hiện dự án bổ cập nước sạch cho sông Tô Lịch cũng như các sông hồ khác của Hà Nội từ nguồn nước sông Hồng và nước thải sau xử lý; nghiên cứu các giải pháp tăng cường khả năng tự làm sạch sông Tô Lịch và các sông hồ nội đô khác có kết hợp với các công trình cảnh quan, vui chơi giải trí trên mặt nước; xây dựng hệ thống quan trắc chất lượng nước và chế độ thủy văn của sông Tô Lịch và sông hồ nội đô để kịp thời điều chỉnh lưu lượng nước bổ cập và kiểm soát hoạt động các nhà máy và công trình xử lý nước thải xả vào sông; xây dựng chế tài bảo vệ môi trường sông Tô Lịch và sông hồ nội đô.