Do đó, vấn đề hợp tác quốc tế nhằm giải quyết các vấn đề xuyên biên giới về kiểm soát ô nhiễm, quản lý tổng hợp và sử dụng hợp lý tài nguyên nước, đảm bảo an ninh nguồn nước… là những vấn đề quan trọng trong quản lý môi trường nước.

Với 2/3 nước mặt được sản sinh từ các nước láng giềng, Việt Nam phải đối mặt với nhiều thách thức liên quan như sự thiếu hụt, cạn kiệt nguồn tài nguyên này. Do đó, từ năm 2005, Việt Nam đã tích cực tham gia Kế hoạch Chiến lược Hành động ASEAN về quản lý Tài nguyên nước với mục tiêu nhằm giải quyết các vấn đề có liên quan đến phân bổ cung cầu, chất lượng nước và vệ sinh môi trường, kiểm soát thảm họa liên quan đến nước và tăng cường năng lực quản lý. Việt Nam cũng tham gia cùng nhóm các nước tiểu vùng sông Mê Công xây dựng các chương trình, kế hoạch nhằm quản lý và bảo vệ nguồn nước LVS Mê Công.

Ủy ban sông Mê Công Việt Nam thực hiện các hoạt động hợp tác với Ủy hội sông Mê Công quốc tế, cùng các quốc gia trong lưu vực, các nước, các tổ chức phi Chính phủ, các tổ chức quốc tế cùng nghiên cứu và đề xuất giải pháp giảm thiểu tác động của các hoạt động phát triển kinh tế - xã hội của các quốc gia thượng nguồn tới các vùng lãnh thổ của Việt Nam có sông Mê Công chảy qua. Việt Nam cũng tham gia thực hiện Chiến lược Phát triển hạ lưu LVS Mê Công giai đoạn 2016 - 2020 của Ủy hội sông Mê Công với mục tiêu là phát triển mọi tiềm năng vì lợi ích bền vững cho tất cả các quốc gia ven sông và ngăn ngừa sử dụng lãng phí nguồn nước, góp phần đạt được tầm nhìn chung là "một LVS Mê Công thịnh vượng về kinh tế, công bằng về xã hội và lành mạnh về môi trường”.

Quy hoạch Phát triển LVS Mê Công được xây dựng và thực hiện dựa trên các nguyên tắc: bảo vệ môi trường và cân bằng sinh thái; bình đẳng chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ; sử dụng nước công bằng và hợp lý; duy trì dòng chảy trên dòng chính; ngăn ngừa và ngừng các ảnh hưởng có hại và ứng phó với tình trạng khẩn cấp.

Bên cạnh việc triển khai các hợp tác dự án quốc tế nêu trên, Việt Nam còn tham gia và tổ chức nhiều sự kiện hợp tác quốc tế khác với các chủ đề như an ninh nguồn nước trong bối cảnh biến đổi khí hậu của LVS Mê Công hay trong khuôn khổ Đại hội đồng Liên minh Nghị viện thế giới (IPU), bảo vệ và sử dụng bền vững nguồn nước trong các cơ chế hợp tác khu vực liên quan như Tiểu vùng Mê Công mở rộng (GMS), Sáng kiến Hạ nguồn Mê Công (LMI) của Mỹ, hợp tác Mê Công - Nhật Bản, Mê Công - Hàn Quốc, hợp tác Mê Công - Lan Thương; tham gia Công ước về Luật Sử dụng các nguồn nước liên quốc gia cho các mục đích phi giao thông thủy năm 2014; chủ đề "Phối hợp hành động trong quản lý nguồn nước nhằm định hình Chương trình Nghị sự sau 2015” trong khuôn khổ ASEM; hay chủ đề "Nghiên cứu đánh giá tác động của các công trình thủy điện dòng chính Mê Công đối với khu vực Đồng bằng sông Cửu Long” và "Nghiên cứu chung về phát triển và quản lý bền vững LVS Mê Công, bao gồm cả các tác động của thủy điện dòng chính” của Ủy hội sông Mê Công.

Ngoài ra, Việt Nam cũng tham gia các loại hình hợp tác quốc tế liên quan khác như: Tổ chức và tham gia các hội nghị, hội thảo quốc tế; đặc biệt là các Hội nghị Bộ trưởng Môi trường ASEAN, ASEAN+3, Hội nghị Bộ trưởng Môi trường cấp cao Đông Á, Hội nghị Nhóm công tác ASEAN về tài nguyên nước, về biến đổi khí hậu và về môi trường biển và ven biển...;

Thực hiện các điều ước quốc tế như Công ước Đa dạng sinh học, Công ước Ramsar về các vùng đất ngập nước có tầm quan trọng quốc tế, Công ước Basel về vận chuyển xuyên biên giới các chất thải nguy hại và việc tiêu hủy chúng, Công ước Stockholm về các chất ô nhiễm hữu cơ khó phân hủy, Nghị định thư Cartagena về An toàn sinh học và Hiệp định về Trung tâm đa dạng sinh học ASEAN.

Có thể thấy, hợp tác quốc tế giữa Việt Nam và các quốc gia trong quản lý LVS tập trung vào các nội dung về tăng cường chính sách và thực thi các nguyên tắc pháp luật quốc tế, khu vực và địa phương hiện nay về nước trong cộng đồng quốc tế; ký kết các văn bản mới để nâng cao chất lượng quản lý môi trường nước; phát triển và cải thiện các cơ chế hợp tác quốc tế; tạo lập cơ chế tài chính bền vững cho các tổ chức liên quốc gia về môi trường nước; tăng cường đào tạo cán bộ quản lý và các nhà hoạch định chính sách; biên bản ghi nhớ giữa các quốc gia có chung LVS; chia sẻ thông tin và dữ liệu. Hoạt động hợp tác quốc tế đã góp phần tích cực trong công tác bảo vệ môi trường nói chung và môi trường nước LVS nói riêng.