Nhiều hộ chăn nuôi vẫn xả chất thải trực tiếp ra môi trường, gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, nhất là ở khu vực nông thôn.

Đáng chú ý, tại các vùng nuôi trồng thủy sản tập trung, nhất là ở khu vực nuôi tôm thâm canh và bán thâm canh, chất lượng môi trường đất, nước và các hệ sinh thái bị biến đổi mạnh do suy thoái và ô nhiễm.